Во вторую камеру через блок разделения вод, дополнительно подается из 4 блока, активный ил с микроорганизмами и обогащенные кислородом стоки, за счет чего анаэробные бактерии активируются, переходя в аэробные бактерии. Происходит процесс сбраживание ила, при котором извлекается легко окисляемая органика, необходимая для процесса денитрификации. Протекает процесс активного насыщения стоков кислородом, все тяжелые, мелкие, не растворившиеся частицы, через передаточное отверстие переливаются в третью камеру. Так как вторая и третья камера первичного отстойника сообщены через передаточные отверстия, то «бурлящие» стоки второй камеры, остаются на том же уровне в третьей камере, но уже в состоянии достаточного покоя, представляя собой зону окончательной нитрификации - аэробный процесс осуществляется бактериями, которые окисляют азот аммонийный до нитратов.